273: 呼吸超級複合體(Respiratory Supercomplex)

Author: David S. Goodsell Translator: 于 健(PDBj)

圖中顯示由複合物I(紅色)、複合物III(藍色)和復合物IV(黃色)組成的呼吸體, 以及小運輸分子泛醌(PDB ID PDB:7v2c)和細胞色素c(PDB ID PDB:3zcf)。線粒體編碼的蛋白質亞基在三個複合物中以較亮的顏色顯示。
圖中顯示由複合物I(紅色),複合物III(藍色)和復合物IV(黃色)組成的呼吸體,以及小的運輸分子泛醌(PDB ID 7v2c)和細胞色素c(PDB ID 3zcf)。線粒體編碼的蛋白質亞基在三個複合物中以較亮的顏色顯示 高質量的TIFF圖片可以從這裡獲得。

幾十年來,研究人員一直在思考蛋白質是否在細胞中結合形成大型功能複合物。其中一些,如醣體,是所有糖酵解酶(glycolytic enzyme)的虛擬組合,尚未被發現。但另一方面,但是許多已經被觀察到,例如包含八個氨酰-tRNA合成酶(aminoacyl-tRNA synthetase)的多合成酶複合物(multisynthetase complex)和光合反应中心和天线蛋白(photosynthetic reaction centers and antenna protein)的巨型超級複合物。而最近,呼吸超級複合體(respiratory supercomplex)也被發現了。 "呼吸體"(respirasome,PDB條目5xth)由三個膜結合的電子轉移複合物(複合物I complex I,二聚體複合体III複合体IV)組成。在線粒體內部,它吸收檸檬酸循環(citric acid cycle)產生的電子(由載體分子NADH提供)並利用它們產生電化學梯度,為ATP合成酶(ATP synthase)提供動力。

為什麼要合作?

這些分子機器組合成超複合物的原因仍然是一個謎。形成超級複合物最明顯的優勢是令三者靠得很近,因此在它們之間攜帶電子的小分子泛醌(ubiquinone)和細胞色素c(cytochrome c)不必走得很遠。然而,這種底物的遷移途徑一直難以在實驗中觀察到。耐人尋味的是,研究人員發現超級複合物減少了活性氧的產生,而活性氧是正常使用氧氣作為電子最終安息地的危險副產物。

線粒體進化

更仔細地觀察呼吸酶體中的三個複合體,我們可以得到真核細胞早期進化的一個縮影。這些複合物由幾十個亞基組成,其中有幾個亞單位是由線粒體內的小型DNA基因組編碼的。線粒體基因組被認為可以追溯到真核細胞形成的早期,當時共生細胞在另一個細胞中居住,因此這可能向我們展示了最早形式的複合物是什麼樣子的。將線粒體複合物與細菌中的類似蛋白質進行比較也支持了這一想法。它們都共享一組“核心”蛋白質亞基,由許多“額外”的亞基裝飾,有助於定制每種細胞類型的功能。正如你可能期望的那樣,所有線粒體編碼的亞單位也都是核心亞單位。

複合體的複雜性

複合物III和復合物IV與SCAF1(綠色)和復合物II(紅紫色)組合在一起。
複合物III和復合物IV與SCAF1(綠色)和復合物II(紅紫色)組合在一起。 高質量的TIFF圖片可以從這裡獲得。

在線粒體中,呼吸複合體以多種狀態存在:作為單獨的複合體或者作為幾個不同的超級複合體。此處顯示的超級複合物僅由複合物III和復合物IV組成,與小蛋白SCAF1(PDB ID 7o37)粘合在一起。自從發現超級複合物以來,研究人員假設這種超複合物使復合物III 更容易接觸到由呼吸複合物II (PDB ID 1zoy)產生的泛醌。複合物II(琥珀酸脫氫酶, succinate dehydrogenase)作為檸檬酸循環的一部分起作用,但也有將電子傳遞給電子傳輸鏈的功能。

探索結構

四個不同角度的呼吸酶體結構

顯示方式: 静止图像

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冷凍電子顯微鏡分辨率的革命性提升,使得更為詳細地觀察這些巨大的超複合物成為可能。這裡,四種不同的著色方法被用來揭示呼吸酶體的不同功能特徵。第一個視圖按疏水性給複合物著色,以顯示使復合物在線粒體膜上定位的富碳氨基酸帶(黃色)。另一個視圖顯示了許多輔助因子,它們通過複合物穿梭於電子,並最終將其置於氧分子上。底部的兩個視圖顯示了線粒體編碼的亞單元和核心亞單元,它們構成了每個複合物的中心結構。要想更詳細地探索這些結構,請切換到交互式JSmol界面。

進一步的討論議題

  1. 目前甚至還觀察到了更大的呼吸超級複合體。例如,參見PDB條目5xti的"巨型複合物"。
  2. 您可以在電子顯微鏡數據庫中查看這些超複合物的冷凍電鏡圖。例如,看一下呼吸體的電鏡圖

參考文獻

  1. Vercellino, I., Sazanov, L.A. 2022 The assembly, regulation and function of the mitochondrial respiratory chain. Nat Rev Mol Cell Biol 23 141-161 DOI:10.1038/s41580-021-00415-0
  2. 7o37 Vercellino, I., Sazanov, L.A. 2021 Structure and assembly of the mammalian mitochondrial supercomplex CIII2CIV. Nature 598 364-367 DOI:10.1038/s41586-021-03927-z
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本文是由RCSB PDBPDB-101提供的《當月的分子2022年9月的文章的中文翻譯。請參考我們的條款和條件頁面。

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