シミアンウイルス40（simian virus 40）は単純なウイルスがどのようにして存在でき、更に致死的な働きまでもするのかを示す一つの例である。ウイルスは「自己の複製」という一つの目的を持った小さな機械である。細胞に入り込み、細胞の合成機械を乗っ取って、新しいウイルスを作らせる。SV40は大変小さな分子機械によってこの仕事を行う。PDBエントリー 1svaでは、１種のタンパク質360個と別の２種類のタンパク質数個が集まってできた球形のカプシド（殻、capsid）とで囲まれているのを見ることができる。このカプシドの大きさは、このウイルスが持つ5243個のヌクレオチドから成る小さな環状DNAを、丁度包み込めるだけの大きさになっている。そしてこのDNAには、細胞に入り込んで新たなウイルスを作るのに必要な最低限の情報が含まれている。

DNAの環

環状のSV40ゲノムは、ここに示すように、細胞内において一握りのヌクレオソーム（nucleosome）を傷つける「小型染色体」（mini-chromosome）として見出される。このゲノムは全体が小さなカプシドに収まらないといけないので、たった数種の機能に関する遺伝情報を収める大きさしかない。そしてこの環状DNAには、黄色と赤で示した制御領域があり、ウイルスの生活環全体を制御している。また数種のタンパク質〜T抗原（およびt抗原と呼ばれるT抗原の切り出されたバージョン）、そして３種類のカプシドタンパク質VP1、VP2、VP3〜もコードしている。白で示した小さな領域だけが使われていない。このゲノムの中は空間が限られているので、カプシドタンパク質は実のところ読み取り枠が重なってエンコードされている。そのためあるタンパク質遺伝子の末端部分は次のタンパク質の先端部分もエンコードしている。なお、この非常に空間をけちったSV40ゲノムに関する更なる情報が欧州バイオインフォマティクス研究所（EBI）の「今月のタンパク質」に掲載されているので合わせて参照のこと。

生活環を進める

SV40は霊長類（primate）の細胞に感染してウイルスを取り込ませ、細胞内にDNAの環を放出する。細胞内に入るとSV40は２つの仕事〜DNAの複製とその複製DNAの新しいウイルスカプシド内への梱包〜を行う。驚くべきことに、SV40はこの２つの仕事を制御するのにたった１つのタンパク質「T抗原」（T-antigen）しか必要としない。ウイルスが細胞に入るとすぐに、細胞自身が持つ合成機械はSV40の制御領域の中心にあるTATA配列（TATA sequence、鮮やかな赤色で示した部分）を認識する。そして細胞は環状DNAを反時計回りに読み取ってメッセンジャーRNA（mRNA）を作る。このmRNAはT抗原（詳しくは後述）タンパク質を作るのに使われる。これでウイルスが働く準備ができたことになる。T抗原はSV40の環に結合して鎖の分離を助け、細胞のポリメラーゼ（polymerase）がDNAを複製できるようにする。また、DNAを逆方向に読むよう指示し、環を反時計回りに回ってカプシドタンパク質の複製をたくさん作ることもする。

SV40とがん

通常、SV40は、細胞に入り、新たなウイルスを作り、細胞を殺してウイルスを解放する、という生活環で過ごしている。ところが、非許容モード（本来の生活環では想定していない宿主へも感染するモード）では他の動物にも感染することができる。その時、ウイルスは細胞に入ることはできるが新たなウイルスを作ることができない。しかしT抗原は作られ、それと同時に細胞をがん細胞へと変えてしまう。T抗原は p53 と　Rb（Retinoblastoma protein、網膜芽細胞腫タンパク質）に結合する。この２つは成長の制御に重要なタンパク質である。これらの通常の機能を阻害することによって、感染細胞は制御を受けることなく増殖できるようになり、がんの増殖を引き起こしてしまうのである。この珍しい現象の研究が、がんの生物学に関する初期の発見の多くにつながった。より一般的には、細胞に感染していぼの不自然な成長を引き起こすパピローマウイルス（papillomavirus）が持つ同様の機構の研究ががんに関する発見に貢献した。