変異株はスパイクタンパク質のアミノ酸が少しちがいます
PDB ID:7dwx
新型コロナウィルスには、多くの変異株があり、アルファ株やデルタ株などと呼ばれています。 これらの株は、スパイクタンパク質のアミノ酸がいくつか変化しています。 下のN501Y, P681H, T19Rなどは変化した場所と変化したアミノ酸を表しており、ボタンを押すと、その場所が赤い球で示されます。 例えば、N501Yとは 501番目のアミノ酸のN(アスパラギン)がY(チロシン)に変化したことを表しています。 N501Yをクリックしてみましょう。変異部位N501が赤い球になります。 三個所が赤い球になるのは、スパイクタンパク質は3本の同じ鎖が組み合わさってできているからです。 この場所はちょうどヒトの受容体の結合部位にあたるため、この変異によって受容体と結合しやすくなる可能性があります。また、抗体との結合にも関係するかもしれません。デルタ株のT478も受容体との結合に関係するでしょう。 一方、デルタ株のP681は、受容体や抗体から遠く、結合には直接関係しないと考えられます。しかし、最初にお話ししたように、感染が進行するには、 S1と呼ばれる頭部が離れる必要があります。下の「スパイクのS1/S2切断部位(685/686)」をクリックすると、切断部位が緑色の球で示されます。 P681はこの切断部位にとても近く、頭部の切断を起こりやすくするのかもしれません。
N501Yなどの変異の書き方については、
「タンパク質をつくる20種のアミノ酸」のページ
に詳しい説明があります。
スパイク
スパイクのS1/S2切断部位(685/686)
ヒトの受容体ACE2
ヒトの抗体
ウィルスの膜
アルファ株(イギリス型)
N501Y
P681H
デルタ株(インド型)
T19R
G142D
L452R
T478K
D614G
P681R
D950N
オミクロン株(南アフリカ型)
P681H
N440K
N501Y
S447N
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