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変異株はスパイクタンパク質のアミノ酸が少しちがいます (PDB ID:7dwx, 7k8z, 7l2d)

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新型コロナウィルスには、多くの変異株があり、アルファ株、デルタ株、オミクロン株などと呼ばれています。 これらの株は、スパイクタンパク質のアミノ酸がいくつか変化しています。 下のN501Y, P681H, T19Rなどは変化した場所と変化したアミノ酸を表しており、ボタンを押すと、その場所が赤い球で示されます。 例えば、N501Yとは 501番目のアミノ酸のN(アスパラギン)がY(チロシン)に変化したことを表しています。 N501Yをクリックしてみましょう。変異部位N501が赤い球になります。 三個所が赤い球になるのは、スパイクタンパク質は3本の同じ鎖が組み合わさってできているからです。 この場所はちょうどヒトの受容体の結合部位にあたるため、この変異によって受容体と結合しやすくなる可能性があります。また、抗体との結合にも関係するかもしれません。デルタ株のT478も受容体との結合に関係するでしょう。 一方、デルタ株のP681は、受容体や抗体から遠く、結合には直接関係しないと考えられます。しかし、最初にお話ししたように、感染が進行するには、 S1と呼ばれる頭部が離れる必要があります。下の「スパイクのS1/S2切断部位(685/686)」をクリックすると、切断部位が緑色の球で示されます。 P681はこの切断部位にとても近く、頭部の切断を起こりやすくするのかもしれません。
N501Yなどの変異の書き方については、「タンパク質をつくる20種のアミノ酸」のページに詳しい説明があります。

スパイク スパイクのS1/S2切断部位(685/686) ヒトの受容体ACE2 ヒトの抗体 ウィルスの膜
アルファ株(イギリス型) N501Y P681H
デルタ株(インド型) T19R G142D L452R T478K D614G P681R D950N
オミクロン株(南アフリカ型) A67V del69 del70 T95I G142D del143 del144 del145 del211 L212I ins214 G339D S371L S373P S375F K417N N440K G446S S477N T478K E484A Q493R N501Y Y505H T547K D614G H655Y N679K P681H N764K D796Y N856K Q954H N969K L981F
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